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2009年12月 〜
最新の排出ガス試験モードにおいて、3.5L車／2.4L車ともに、平成17年基準排出ガス75％低減レベルの認定を取得。エコカー減税の適用による減税率が向上された。また、オプションのHDDナビに目的地の目の前まで案内する機能や、ETCカード挿入時に有効期限を音声案内する機能が追加された。（2009.12）
2008年12月 〜 2009年11月
フロントグリル・バンパー、ヘッドランプ、リアコンビネーションランプなど外観の意匠変更を実施。アルミホイールのデザインも一新された。装備面ではクルーズコントロールや後席確認ミラー、オーディオステアリングスイッチなど、利便性を高める装備の標準化が図られた。（2008.12）
2007年06月 〜 2008年11月
搭載する3.5Lエンジンが、新しい排出ガス試験での冷間時の測定モードに対応した「平成17年基準排出ガス75％低減レベル」の認定を取得した。また、アエラスSパッケージはコンビネーションメーターの色をレッドに変更している。（2007.6）
2006年01月 〜 2007年05月
エスティマのDNAであるワンモーションフォルムを踏襲し、さらにシャープさを増したボディデザインとなった。インテリアは色と素材を重視することで、より開放的で快適な空間を実現している。乗車定員は7人乗りと8人乗りが選択でき、特に7人乗りのセカンドシートは最大800mmのロングスライドが可能。また、8人乗りにはチップアップ機構付きの6:4分割式セカンドシートを採用。サードシートは床下格納ができ、荷室も多彩なアレンジが楽しめる。グレードは3.5LのV6＋6ATと、2.4Lの直4＋CVTで、共にFFと4WDを設定。エアロ装着のアエラスもラインナップ。(2006.1)
2004年09月 〜 2005年12月
搭載される2.4L直4エンジンの排出ガスをクリーン化して、「超-低排出ガス車認定」を取得。環境性能を向上させている。(2004.9)
2003年05月 〜 2004年08月
フロントバンパー、ヘッドライト、リアランプなど外装を変更するとともに、新デザインのオプティトロンメーターなどを採用。またローダウンサスやステアシフトマチックなどを装備したアエラス-Sを追加設定した。(2003.5)
2001年04月 〜 2003年04月
盗難防止に役立つイモビライザーシステムを標準装備したほか、チャイルドシート固定用バーの追加、オーディオへのMDの追加（Ｇのみ）、ドアミラーのブルーミラー化などを実施した。またアエラスに７人乗りを追加した。(2001.4)
2000年01月 〜 2001年03月
2代目のエスティマは、前面衝突時などの安全性と広い室内を確保するためにエンジンをフロント部に置くＦＦのレイアウトを採用。またエンジンも2.4Lの直4に加えて3LのV6を追加。外観はワンモーションフォルムを踏襲しながらも、吊り目ヘッドライトやボディサイドの大胆なキャラクターラインを取り入れ、より精悍なイメージを演出。また40mm拡大されたホイールベースによって、居住空間の拡大も実現した。７人乗りと8人乗りが設定されるのは初代同様だが、リアドアがイージークローザー付き両側スライドドアに変更。助手席側にはパワーアシスト自動開閉ドアが用意される。(2000.1)
1998年01月 〜 1999年12月
ヘッドライトやグリル、リアコンビランプなどの外装のデザインを変更するとともに、新シート＆ドアトリムを採用するなどのリファインを行った。またエアロパーツなどを装着したスポーティグレード、アエラスを追加設定した。(1998.1)
1996年08月 〜 1997年12月
デュアルエアバッグ、ABS、チャイルドシート固定機構付きシートベルトを全車に採用。また、スーパーチャージャー付きエンジン搭載車にオートエアコンなどを装備したＶグレードを新たに設定した。(1996.8)
1994年08月 〜 1996年07月
スーパーチャージャー付き2.4Lの直4エンジンを新たに搭載するともに、フロントバンパーのデザインを変更。さらにフロント、セカンドシートのヘッドレストの分離化やコンソールボックスの大型化などの変更も実施。(1994.8)
1993年08月 〜 1994年07月
4リンク式のリアサスペンション（他はダブルウィシュボーン式）やスチールホイールを採用することで、価格を安く抑えた8人乗りのＸグレードを新設定した。(1993.8)
1991年08月 〜 1993年07月
熱線反射ウインドウシールドガラス、角度調整式フロントアームレスト、プッシュ式リアクーラースイッチなどを採用して快適性を向上させた。同時にハイマウントストップランプ付きリアスポイラーやサイドドアビームなどを標準装備。(1991.8)
1990年05月 〜 1991年07月
従来の1BOXスタイルを打ち破る卵形のワンモーションデザイン、2.4Lの直４エンジンを75度斜めにして床下に置いたミッドシップレイアウトなど、その後のミニバン作りに大きく影響を与えたエポックメイキング。とくに床下ミッドシップは、高い静粛性と広い室内の実現につながるだけでなく、4輪独立懸架と相まって優れた運動性能をも発揮した。シートは7人乗りと8人乗りで、最前部から最後部まで自由に行き来できるウォークスルーが採用されたのも画期的。オーバーヘッドデュアルオートエアコンやＣＤ付きオーディオなど装備も魅力的なものが多い。(1990.5)